近几年来，国家储备了大批量的棉花，全部堆垛存放在各地的棉花直属库和专业的棉花仓库内。储备的棉花在仓库中至少存放半年以上，大多数存放3到5年。这些棉花在储备存放的过程中会发生无法阻止的自然变异，因此必须关注导致储备棉变异的原因。

1.储存条件的影响。虽然国家对仓库的储备条件作出了基本要求，可是有些仓库由于人员、场地和经济条件所限，在储存的过程中出现了一些不符合要求的做法。如在库外存放没有及时加盖油毡布或库房漏雨，导致棉花淋了雨；人员紧张或责任心不强，没有做到每天查库，测量温湿度，并根据天气变化和库内外温湿度差异，及时采取通风散湿或关闭仓库等措施；不能确保库内温度保持在30℃以下、相对湿度不得超过70%、棉花回潮率不得超过10%。

2.温湿度的影响。正常情况下，回潮率不超过10.5%的新棉花放置在符合储备要求的仓库内，夏季高温前，一般不会发生自然变异。但夏天雨季到来后，特别是夏季气温超过35℃时，再加上棉花有吸湿的性能，棉花的反射率和黄度就会发生自然变异，并直接影响到棉花的品级。一般情况下，在一个棉花年度内，平均可以下降一个等级。具体表现为3级以上的棉花，比较稳定，变异较小；4级以下的棉花，本身质量不稳定，容易发生自然变异，降级较大；变异的速度开始时较慢，中间一段时间变异加快，过了一定时间以后，变异速度又变缓。

3.微生物的影响。棉花上附着微生物，在潮湿的环境下，微生物繁殖速度很快，不断分泌出纤维素酶和酸，从而导致棉花发生变质、变色。当温度超过35℃、湿度超过70%的条件下，棉花很快就会长“花斑癣”，3年内就会变异为黄染棉。

4.成熟度的影响。在检验过程中发现，成熟度指数较高的棉花变异相对较小，棉成熟度指数较小，则棉花变异大。具体表现为3级以上棉花变化较小，4级变异较大。

5.储存时间的影响。棉花储备时间越长，棉花越会失去原有的光泽，使棉花变得愈来愈黄。因此，储存时间越久，棉花变异程度越大。

6.塑料套包的影响。在检验过程中发现，淋过雨的塑料套包棉花变异较大。一些生产厂商为了降低成本，配方不合理，并且用回料生产，造成塑料套包风化、炸包破损现象较多。再加上塑料套包透气性较差，一旦运输和储存过程中雨雪进入，水分难以蒸发，结果导致棉包发生霉变。